本研究では特定の細菌を蛍光で染色することが可能となるFISH法と、細菌の存在量を定量的に測定することができるReal-time PCR法の二つの技術を用いて研究を行いました。FISH法とは蛍光色素を有するFISHプローブ（DNA断片）と菌体内のrRNAを相補的に結合させ、特定の細菌のみを蛍光染色する技術です。まず、このプローブの設計を行うことで、蛍光顕微鏡下でそれぞれの種類の糸状性細菌のおおよその定量、形状の確認が可能になりました。このFISH法を用いて活性汚泥の分析を行ったところ、Chroloflexi門のType 1851(図1)という糸状性細菌が優占していることが示されました。さらに、活性汚泥中でのType 1851の存在量をReal-time PCR法で定量したところ、バルキングの進んだ活性汚泥ほどこの門の糸状性細菌の存在量が多いことが示唆され、Type 1851がバルキングを引き起こす可能性が示されました。

図1　FISH法によるType1851の染色